不僅平民區殘破不堪，甚至連君士坦丁堡東南的舊皇宮也已經無法居住。拉丁帝國末代皇帝鮑爾溫二世在山窮水盡之際，不僅將自己的太子交給威尼斯債主作為“抵押”，更將拜占庭皇宮的屋頂拆除出售以套現。此君亡命天涯后，光復拜占庭的米哈伊爾八世及其繼承者再也沒有財力將皇宮修繕一新。只有屈指可數的教堂還保留著昔日榮光，例如“新教堂”]及燈塔區的圣母教堂。]昔日的大競技場（Hippodrome of Constantinople）也僅剩斷壁殘垣，貴族子弟已將它當做馬球場。旁邊的“主教宮”（Patriarchal Palace）名義上仍然是教長駐地，不過君士坦丁大牧首也不再“冒險”居住在這搖搖欲墜的殿宇中了。城區多數教堂也已經年久失修，只有偉大的圣索菲亞大教堂（Hagia Sophia，Holy Wisdom）還保留著往日的榮光，因為其開銷由政府專項資金提供。

君士坦丁堡的主干道—梅塞大道（Mese，“中央大街”之意），自查瑞休斯門（Gate of Charisius, the Charisian Gate，今天土耳其人稱為阿德里安堡門）起始，最后抵達舊皇宮。這是首都最繁華的大街，商店住宅鱗次櫛比，途經最重要的建筑為全市第二大教堂圣使徒（Holy Apostles）教堂。不過后者也已經殘破不堪了。另一片繁華區位于金角灣沿岸，尤其是布雷契耐區（Blachernae），皇帝的新行宮就位于此處一座小山下。威尼斯也在這一帶港口擁有自己的社區，不僅為威尼斯人提供便利，也聚集了來自安科納、佛羅倫薩、拉古薩（Ragusa）以及加泰羅尼亞的商人，附近甚至還有猶太社區。這里貨棧碼頭密集，帝國也允許土耳其人在此開設巴扎（市集）。不過以上各區用城墻或柵欄劃分開來，彼此相對獨立。城市每年還要接待遠方的朝圣者，他們多半來自俄羅斯，由此一批旅館應運而生。此外城市也保留了足夠的醫院甚至孤兒院，為市民們提供基本的福利。不過除去這些繁華地帶，君士坦丁堡市區大部分地方已經是空曠和凋敝的了。

此時帝國第二大城市為塞薩洛尼基（Thessalonica）。它仍然是巴爾干重要的港口，與君士坦丁堡相較，它甚至更加繁榮，其一年一度的集市吸引了各地的大批商人。甚至相對狹小的城市規模也成了它的優勢，這讓它與空空蕩蕩的首都相比，顯得不至于那么寒酸和破敗。不過該城在14-15世紀同樣命運多舛。它一度被當地起義的平民攻占并統治了8年之久，]在他們被鎮壓前，大批城市宮殿、市場、建筑遭到了洗劫與破壞。隨后塞薩洛尼基又遭土耳其人攻占。雖然希臘人一度將其收復，然而它再也難回到當年的繁榮了。伯羅奔尼撒半島值得一提的城市還有摩里亞（Morea）專制君主國]首都米斯特拉斯（Mistras, Mistra），不過這所謂的“首都”不過是一座宮殿，一座城堡，外加幾座教堂、修道院和學校，比一座村莊規模大不了多少。

1391年，曼努埃爾二世得到了拜占庭帝國這份凋零的遺產。皇帝本人可謂生世多艱：他的青少年時代幾乎都在戰爭與家族內斗中度過，營救因欠債被威尼斯人扣押的父皇約翰五世也一度成為他的任務。作為皇子，曼努埃爾二世長期在土耳其蘇丹的宮廷充當人質，甚至違心地指揮一支拜占庭軍團為蘇丹攻打希臘人的城市阿拉謝希爾（Ala?ehir, Philadelphia）]。在這段令人心酸的時光里，學術成為了他最大的安慰。曼努埃爾二世飽讀經書，具有很高的文化素養。他為土耳其友人撰寫的比較基督教伊斯蘭教異同的小冊子便是一個例證。他是個有才能的君主，曾經主動將皇位讓與其侄約翰七世，這一慷慨之舉很大程度上彌合了王室內部的紛爭。]他曾經盡力修繕帝國的修道院并提高其待遇標準，他給予了君士坦丁堡大學力所能及的最大經費?；实矍逦乜闯鑫鞣皆闹匾?，并做了大量外交努力。1396年教皇再次召集了一支十字軍（不過這支軍隊更多是為了援救匈牙利王國而非拜占庭，雖然均是以土耳其為敵），然而因為部隊領導人的荒唐最后在多瑙河畔的尼科波利斯遭到失?。峥撇ɡ沟氖周娛菤W洲最后一次大規模援助東方的十字軍）。曼努埃爾二世對法國的外交攻勢獲得了一定成果，1399年法王向君士坦丁堡派遣了一支由布錫考特（Jean Le Maingre, Marshal Boucicault）]元帥統領的部隊，不過這支軍隊僅千余人規模，實在是杯水車薪，于事無補。然而，皇帝反對東西教會的再次共融，一方面是因為自身的宗教信念（為此他還特意撰寫一篇論文向索邦神學院的教授們闡明己方觀點），一方面也是因為他深知這一方案難以在民間推行。他還告誡自己的兒子，未來的約翰八世，既要與西方友好協商教會聯合事宜，同時又要對內宣稱該聯合絕不會真正實施。當他于1400年左右前往西方國家斡旋時，恰逢天主教會大分裂時期（the Great Schism），因此拜占庭皇帝極力淡化其宗教身份而是以世俗統治者的身份尋求援助，以減少宗教紛爭的干擾。但是，雖然皇帝的優雅風度獲得了歐洲貴族的好評，實際的援助卻屈指可數。1402年曼努埃爾二世甚至不得不中斷訪問趕回君士坦丁堡，因為他得知土耳其蘇丹“雷霆”巴耶濟德一世正率軍意圖圍攻拜占庭首都。幸運的是，早在皇帝趕到之前危機便已經解除了。來自中亞的帖木兒大汗在安卡拉戰役中決定性地擊敗了奧斯曼人，俘虜了巴耶濟德一世（后者大約一年后于帖木兒營中去世），奧斯曼人群龍無首，陷入了近二十年的“大空位”時期，也給了拜占庭帝國一個喘息的機會。但是拜占庭并未充分利用這一千載難逢的時機，土耳其王子們經過二十年爭斗后，終于再次統一起來。1423年恢復元氣的奧斯曼土耳其蘇丹穆拉德二世又開始發動對君士坦丁堡的圍攻，不過由于王族內斗以及帝國內部叛亂的傳聞，蘇丹不得不放棄計劃，提前收兵。