這番論爭不僅是學術問題，也是政治問題。—這關系到是否與西方羅馬教會及天主教國家聯合。而東西方教會長期的分裂及交惡，最終使保守派在這場斗爭中占據上風。不過，還是有很多具有遠見的拜占庭政治家看出，脫離西方基督教國家的援助，拜占庭注定無法長期生存。如果西方援助是以東正教會與天主教會共融為前提的，那么這也是不得不付出的代價。米哈伊爾八世為了對抗西方復辟拉丁帝國的計劃，不惜于里昂大公會議上代表人民同意與羅馬教會共融，但此舉遭到了國內民眾的普遍憎恨。面對民意洶洶，他的兒子安德羅尼庫斯二世不得不推翻了父親的決策。如今，土耳其人已在磨刀霍霍。與西方教會的共融迫在眉睫，這不僅是為了得到西方雇傭軍，更重要的是要聯合基督教國家，共同對抗東方的異教徒，而東正教世界是無力提供強大援助的。多瑙河流域及高加索地區諸王公實力有限且自身不保，俄國人自身問題成堆，鞭長莫及。不過，西方天主教國家真的會援助已經分裂的東方教會嗎？他們是否會把土耳其人的入侵當作對拜占庭的“天譴”而袖手旁觀？帶著這些疑問，約翰五世皇帝于1369年啟程前往教廷進行外交活動，并向教皇表示歸順之意。然而他謹慎地未將其臣民卷入其中，雖然他內心也幻想拜占庭人與他一道走向教會和解之路，然而在當時這是沒有基礎，注定會失敗的。

米哈伊爾八世與約翰五世是政治家，而非神學家。對他們而言，與西方聯合，政治上的裨益高于一切。然而對神學家來說，情況就很棘手了。早在基督教歷史早期，東西方教會在禮拜方式、神學理念等方面就存在分歧。其中最尖銳的矛盾是關于圣靈如何產生以及對“和子說”（拉丁語“ Filioque”，相當于英語“and from the Son”）的態度，這也是1054年雙方革除對方教籍的神學原因之一。1此外兩大教會還存在許多較小的分歧。西方教會不承認東方教會新近通過的關于“上帝既是實體的，也是精神的”（Essence-Energies distinction）這一教義 。而東正教會同樣對羅馬教會關于“煉獄”的說法不敢茍同。圣餐儀式上所用面餅是否應當發酵成為雙方爭議的又一個焦點。對東方教會而言，西方教會采用無酵餅的做法似乎是師從猶太人，并且罔顧了發酵餅對圣靈的象征。與之類似，西方教會在圣餐中拒絕使用“求降圣靈文”（Epiclesis）也被認為是大不敬的，東正教會相信，缺乏這一道程序，將令面餅與葡萄酒的神圣性功虧一簣。對于普通信眾如何兼領圣體圣血（Communion under both kinds）及在俗司鐸（Secular priests）能否結婚，兩大教派同樣爭執不休。不過，雙方最大的分歧集中在教會管轄權限方面。羅馬教宗是否在基督教會中享有居先權或至高地位？按照拜占庭傳統，所有主教一律平等。無人（甚至包括圣彼得之傳人，盡管其見解是受到尊重的）能夠強迫他人接受教義。唯有大公會議（Oecumenical Council）有權對教義進行詮釋。羅馬人對基督教教義的增添令東正教徒大為震驚，不僅因為神學方面的理由，更重要的是，此舉單方面地篡改了由大公會議通過的神圣教義。基于傳統，東正教徒無法接受羅馬的管理與訓誡，它理應由五大宗主教]（Pentarchy of Patriarchs）共同行使，盡管羅馬教宗地位崇高，他也無權僭越其余主教。拜占庭人篤信其傳統與教規，不過，為了教會的和諧運轉，他們也能在枝節問題上求同存異，這為與西方的和解提供了某種彈性。反倒是羅馬天主教會，基于其天性，輕易不愿做出妥協。

拜占庭的學者們分裂了。相當一部分由于忠于自己的教派而無法認同與羅馬聯合。然而不少學者（尤其是哲學家），愿意接受羅馬教廷的權威以使自己的才華得到發揮。基督教國家與基督教文明的和諧統一對他們而言是同等重要的。他們中的一些人曾游歷意大利，并目睹了當地的活力與生機。他們也發現了，如果作為朋友身份到來的話，他們會受到意大利人何等的敬重。大約在1340年，德米圖斯•西多內斯將托馬斯•阿奎那（Thomas Aquinas，亦稱為阿奎諾的托馬斯）的著作翻譯為希臘語。阿奎那的學說吸引了大批拜占庭學者，使后者意識到意大利的學術早已非吳下阿蒙。他們渴望與意大利的學術交流，而這一愿望也并未落空。越來越多的拜占庭學者在西方獲得了職位與尊敬。融合拜占庭與意大利文化的想法，變得越發具有吸引力。考慮到羅馬歷史上的崇高地位以及當下意大利的繁榮，拜占庭人的某種妥協也未必是難以接受的吧？

然而，“聯合派”的擁躉只限于部分政治家與知識分子，僧侶階層大都表示強烈反對。他們較少受到與意大利學術交流的影響，而是醉心于自己的信仰與傳統。拉丁帝國當年的嚴酷統治給他們留下了刻骨銘心的印記。僧侶們在民眾當中宣傳聯合的種種惡果，甚至聲稱此舉將遭致天譴。任何一位拜占庭皇帝試圖與之對抗都是艱難的，何況還有相當一部分知識分子、神學家贊同僧侶們的觀點，一部分政治人物也對西方的援助心存顧慮。

上述激烈的論爭發生在一個大衰退的年代。盡管擁有優秀的學者，君士坦丁堡已然淪為了一座垂死的城市。12世紀時，首都及近郊人口多達百萬之巨，而今只剩下不足10萬。橫跨博斯普魯斯海峽的首都郊區大半也落入土耳其人之手。而金角灣的佩拉大區由熱那亞人所控制。昔日君士坦丁堡附近市鎮、修道院星羅密布，如今只剩下零落的一些村莊環繞在破敗的教堂四周。拜占庭首都在極盛時期，城內各區分布著大量花園與公園，而今不僅一些居民區已經消失，花園也被菜地、果園所取代。14世紀中期到訪的著名穆斯林旅行家伊本•巴圖塔（Ibn Battuta）計算出城墻內共有13塊小型居民區；西班牙旅行家克拉維約（Gonzalez de Clavijo）也曾對這座宏偉巨城的破敗驚詫不已。稍后造訪的貝特朗東（Bertrandon de la Broquière）]同樣對城市的空曠驚駭莫名。佩德羅•塔法（Pedro Tafur， Pero Tafur）]于1437年談到君士坦丁堡人口的凋零程度—很多居民區完全是一副鄉村的景象，春天城市里盛開著大量野玫瑰，入夜后，夜鶯在樹林里歡唱。